ページ（文書）を作るにはいくつか方法があります。

サイドバーにあるエクスプローラー風のツリーからフォルダを選んで右ボタンです。

プロンプトが出てくるので物理ページ名（半角英数字が望ましい）を入力してください。

http://サーバ名/dokuwiki/doku.php/フォルダ/物理ページ名という形で指定します。
すると「文書がありません」と表示されるので「文書の作成」をクリックします。

指定したフォルダが無い場合は、フォルダも自動的に作られます。

ページ名は見出しになります。見出しは最初の一行目の内容です。

ページの内容をすべて削除して「保存」をクリックします。

フォルダだけ作るということはできません。ページと一緒に作られます。

フォルダ名の変更はできません。新たなページを別なフォルダ名を指定して作成し、中身をすべて移すしかありません。
なお、管理者側ではページ移動プラグインで別なフォルダへ移動することが出来るので、どうしてもという方は連絡ください。

フォルダ配下のページがすべてなくなると自動的にフォルダは削除されます。